Las experiencias de la Guerra del Pacífico (1879-1883) dejaron en evidencia la necesidad imperiosa de una mayor y mejor coordinación entre la conducción política y militar para enfrentar un conflicto. Durante los años siguientes, esta situación se hizo nuevamente presente en las distintas crisis vecinales que se vivieron, tanto a fines del siglo XIX como a principios del siglo XX, donde la discusión de asuntos de defensa empezó a darse con mayor intensidad en esferas de gobierno y parlamentarias.

Paralelamente, en las Fuerzas Armadas ya se habían dado pasos concretos para la creación de sus respectivos institutos de estudios superiores para la formación de sus oficiales de estado mayor, siendo fundadas la Academia de Guerra del Ejército en 1886, la Academia de Guerra Naval en 1911, y finalmente la Academia de Guerra Aérea en 1937.

Durante los años siguientes, el impacto global de la Primera Guerra Mundial y la crisis previa a la Segunda, motivaron un análisis profundo que detectó la necesidad de estudiar los conflictos desde una perspectiva multidimensional, más allá de la puramente militar, que considerase también los aspectos políticos, económicos, sociales e internacionales de los mismos. Es así como en Septiembre de 1939, se desarrolló en la Academia de Guerra del Ejército el primer curso de Altos Estudios Militares para “altos comandos” de esa Institución, con la participación de Oficiales de la Armada y Fuerza Aérea. En 1943, este curso pasó a depender del Ministerio de Defensa Nacional, bajo la dirección de su Jefe de Estado Mayor y con una perspectiva conjunta, la que se fue consolidando los años posteriores, particularmente con las lecciones aprendidas de la Segunda Guerra Mundial.

Bajo esa idea, el Presidente de la República don Gabriel González Videla, dispuso al Ministro de Defensa Nacional, don Manuel Bulnes Sanfuentes, la creación de la “Academia de Defensa Nacional”, mediante el Decreto Supremo N°359 de Marzo de 1947, con el propósito de impartir cursos de altos estudios militares para oficiales superiores de las tres ramas de las Fuerzas Armadas, fecha que se considera como el origen de esta casa de estudios.

A contar de 1961 se integra el primer grupo de profesionales provenientes de la Administración Pública y de universidades nacionales, generándose una nueva instancia académica de encuentro e integración civico-militar.

Por Decreto Supremo SSG. Nº 538 del 26 de diciembre de 1974, se cambia su nombre por el de “Academia Superior de Seguridad Nacional”, encargada de impartir docencia, a oficiales de las Fuerzas Armadas y a profesionales civiles de la Administración Pública del Estado, en una amplia gama de cursos destinados a mejorar su capacidad en todas las materias relacionadas con el desarrollo, seguridad y la defensa nacional,

Posteriormente, por Decreto Supremo Nº 657 del 16 de agosto de 1982, se adecuó la denominación, misión y funciones del Instituto, constituyéndose en la actual “Academia Nacional de Estudios Políticos y Estratégicos” (ANEPE).

Con fecha 10 de septiembre de 1998, fue publicada en el Diario Oficial la modificación a la Ley 19.584, “Orgánica Constitucional de Enseñanza”, mediante la cual se reconoce a la Academia como organismo de educación superior, autorizándola para otorgar todo tipo de grados académicos.
De acuerdo a la ley N°20424 del 4 de Febrero de 2010, que aprobó el nuevo Estatuto Orgánico del Ministerio de Defensa Nacional, la Academia pasó a depender del Sr. Ministro de la cartera a través de la Subsecretaría de Defensa.
A lo largo de los años, la ANEPE se ha consolidado como un referente nacional en estudios de seguridad, defensa y relaciones internacionales, manteniendo un estrecha vinculación con organismos del Estado, Fuerzas Armadas, Universidades y Centros de Estudio, contando dentro de sus ex alumnos con importantes personalidades . En la actualidad, posee veintitrés convenios con instituciones nacionales y diecinueve convenios internacionales.